Il sequenziamento dell’RNA isolato da colture batteriche è un metodo comune per determinare i geni espressi nella coltura. Il sequenziamento delle analisi solitamente richiede RNA di alta qualità. I membri del team PoP che lavorano con un cliente hanno ottimizzato un protocollo utilizzando i kit RNAdvance Tissue per l'uso con batteri mediante l'aggiunta di lisozima.

Protocollo:

Isolamento dell’RNA da batteri utilizzando RNAdvance Tissue

Estrazione dell’RNA da E. coli, B. subtilis e S. salivarius con il kit RNAdvance Tissue

Escherichia coli, Bacillus subtilis e Streptococcus salivarius sono stati fatti crescere durante la notte in terreno di Luria-Bertani (LB) a 37 °C. La coltura di E. coli è cresciuta a una OD di 6,59, la coltura di B. subtilis a una OD di 4,15 e la coltura di S. salivarius a una OD di 0,94. L’RNA è stato estratto da 150 µl di tali colture notturne. Il rendimento è stato misurato tramite assorbanza a 260 nm su NanoDrop (Thermo Fisher Scientific) e l’integrità è stata valutata su Agilent RNA ScreenTape (Agilent). Il rendimento di RNA era correlato alla OD notturna batterica, con valori OD superiori che causavano rendimenti maggiori (Figura 1).

L’RNA estratto registrava alti punteggi RIN, con un punteggio RIN di 8,4 per E. coli, 9,4 per B. subtilis e 7,4 per S. salivarius (Figura 2-4), che indicano RNA altamente intatto.

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