Grazie al processo altamente riproducibile del semiconduttore, le intensità della fluorescenza misurate sulla Piattaforma CytoFLEX sono lineari alle impostazioni corrispondenti di guadagno del rilevatore. Grazie alla linearità del guadagno del semiconduttore, la matrice di compensazione ottenuta in una impostazione di guadagno può essere utilizzata per esperimenti reali a diverse impostazioni di guadagno. Gli elementi della matrice di compensazione ottenuti a diverse impostazioni di guadagno può essere miscelata insieme per formare una matrice completa, la libreria di compensazione.