Prestazioni e dati della soluzione di selezione delle dimensioni SPRISelect

Il sequenziamento di nuova generazione (NGS) è la tecnologia più pervasiva presente oggi nella ricerca genomica. La lunga lista di applicazioni di interfaccia ha vari requisiti di preparazione delle librerie che richiedono soluzioni flessibili. La dimensione del DNA ha un impatto diretto sulla generazione dei risultati di sequenziamento desiderati. Il kit reagenti SPRISelect è ideato per offrire agli scienziati più flessibilità e più controllo sul processo di selezione delle dimensioni. Con la comprovata tecnologia di immobilizzazione reversibile di fase solida (Solid Phase Reversible Immobilization, SPRI) leader del settore, questo reagente offre una selezione delle dimensioni robusta, riproducibile e personalizzabile.

• Regolabile da 150 a 800 paia di basi, consente facili regolazioni per applicazioni e sequenziatori specifici
• L’efficiente tecnologia con biglie magnetiche elimina la necessità di gel, chip o strumentazione speciale
• Scalabile da manuale ad automatizzato per un’elaborazione ad alta produttività in piastre da 96 pozzi

Capacità di selezione a doppia dimensione

La selezione delle dimensioni a sinistra rimuove il DNA più piccolo rispetto alla dimensione target, mentre la selezione delle dimensioni a destra rimuove il DNA più grande della dimensione target. Utilizzando entrambe le selezioni è possibile concentrarsi su un intervallo di dimensioni del DNA più ridotto.

SPRISelect è stato utilizzato per la selezione a doppia dimensione su gDNA tagliato proveniente da E. coli. [Figura A] Selezione delle dimensioni a sinistra con un rapporto per 400 bp. [Figura B] Selezione delle dimensioni a destra con un rapporto per 200 bp. [Figura C] Una sovrapposizione della selezione delle dimensioni a sinistra (in rosso) e della selezione delle dimensioni a destra (in blu). [Figura D] La selezione a doppia dimensione esclude i frammenti sopra e sotto i limiti target e acquisisce regioni target tra 200 bp e 400 bp. [Figura E] gDNA tagliato proveniente da E. coli. Per tutto il DNA la dimensione è stata misurata utilizzando un Agilent 2100 Bioanalyzer High Sensitivity Chip (Agilent). I picchi a 35 e 10300 sono marcatori interni.

Riproducibile e regolabile

SPRISelect è prodotto in base a specifiche rigorose e assicura la riproducibilità da esecuzione a esecuzione e da lotto a lotto.

Selezioni di due diverse dimensioni sono state eseguite su gDNA tagliato proveniente da E. coli usando SPRISelect. Sono state eseguite tre ripetizioni per selezione delle dimensioni. Ciascuna delle tre ripetizioni ha evidenziato capacità di selezione delle dimensioni molto uniformi. (Sinistra) Rapporto tra legame e campione di 0,5x per la selezione delle dimensioni a sinistra (Destra) Rapporto tra legame e campione di 0,5x per la selezione delle dimensioni a destra La dimensione del DNA è stata misurata utilizzando un Agilent 2100 Bioanalyzer High Sensitivity Chip (Agilent). I picchi a 43 e 115 sono marcatori interni.

(A sinistra) Rapporto di 0,5x di selezione in base alle dimensioni. (A destra) Rapporto di 0,5x di selezione in base alla dimensione.

Tempo di preparazione manuale inferiore rispetto agli altri fornitori

SPRISelect e altri due kit disponibili in commercio sono stati utilizzati per la selezione delle dimensioni su gDNA tagliato proveniente da E. coli. (Sinistra) Il grafico rappresenta il tempo per una selezione a una sola dimensione o una pulizia. Il Flusso di lavoro SPRISelect per la selezione a una sola dimensione è 4,2 volte più veloce rispetto al fornitore A e 2 volte più veloce rispetto al fornitore B. (Destra) Il grafico rappresenta il tempo per la selezione a doppia dimensione. Il Flusso di lavoro SPRISelect per la selezione a doppia dimensione è 3,8 volte più veloce rispetto al fornitore A e 2 volte più veloce rispetto al fornitore B. SPRISelect ha il tempo di processazione più basso tra tutti e tre i fornitori di almeno il 50%. I tempi erano basati sull’esecuzione manuale della selezione delle dimensioni per 8 campioni.

Flusso di lavoro a sinistra di SPRIselect

Selezione di DNA più grande di una dimensione target.

1. Legame del DNA alle biglie magnetiche
2. Separazione delle biglie dai contaminanti
3. Lavaggio delle biglie magnetiche con etanolo all’85% per la rimozione dei contaminanti
4. Eluizione del DNA dalle biglie magnetiche
5. Trasferimento in una piastra di conservazione

Flusso di lavoro a destra di SPRIselect

Selezione di DNA più piccolo di una dimensione target o selezione di DNA all’interno di una regione target.

1. Legame del DNA alle biglie magnetiche
2. Trasferimento del surnatante in una nuova piastra
3. Legame del DNA alle biglie magnetiche
4. Separazione delle biglie dai contaminanti
5. Lavaggio delle biglie magnetiche con etanolo all’85% per la rimozione dei contaminanti
6. Eluizione del DNA dalle biglie magnetiche
7. Trasferimento in una piastra di conservazione

Semplice da eseguire in modalità manuale o automatizzata

Tempo di preparazione manuale stimato e tempo totale, in minuti, richiesto per eseguire la selezione a doppia dimensione su 8, 24, 48 e 96 campioni di DNA utilizzando SPRISelect. I diversi metodi possono essere eseguiti manualmente o automaticamente su una Workstation Biomek. La tabella rappresenta i tempi di automazione eseguiti su un Biomek i7 Hybrid. È indicata la differenza di tempo tra manuale e automazione. NR=Non Raccomandato.

Prodotti per la selezione in base alla dimensione

Senza indicazione o convalida per l’uso nella diagnosi delle malattie o di altre condizioni.

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